Dengan gambaran tentang keterkaitan dengan Seminari Tinggi Providentia Dei dan Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya tersebut di atas, IMAVI menyajikan 2 kategori program pendidikan yaitu program pendidikan gerejawi dan program pendidikan umum. Program-program ini, khususnya program pendidikan umum, diselenggarakan bekerja sama dengan Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya, khususnya melalui Fakultas Filsafat UKWMS, dan melalui Fakultas Bisnis UKWMS yang sekarang menangani penyelenggaraan Program Studi Magister Manajemen.
Kerja sama ini terutama dilakukan mengingat bahwa universitas Katolik ini merupakan lembaga pendidikan tinggi yang memiliki kompetensi untuk memberikan gelar di bidang pendidikan umum yang diakui oleh negara. Dengan demikian, mahasiswa IMAVI selain menempuh pendidikan gerejawi, pada saat yang sama juga dapat menempuh pendidikan di program-program studi yang diselenggarakan oleh Universitas Katolik Widya Mandala Surabaya untuk memiliki gelar pendidikan tinggi yang diakui oleh negara baik S1 maupun S2.
Catatan: Dua kategori program pendidikan ini diselenggarakan secara beriringan sehingga secara keseluruhan semua program ini dapat diselesaikan dalam jangka waktu 6 tahun.
Program studi yang mempersiapkan mahasiswa untuk menjadi pemimpin gereja yang kompeten dalam bidang pastoral dan teologi.
Program studi yang mengintegrasikan nilai-nilai Katolik dengan pendidikan umum untuk menghasilkan lulusan yang berkarakter dan berkompetensi.
Susunan program-program studi IMAVI